Defragmentácia disku je reorganizácia uloženia súborov na oddiele pevného disku. Defragmentácia disku je proces eliminácie fragmentácie súborov; fragmentácia súborov spôsobuje, že súbory sú po operáciách s diskom „rozhádzané“. Fragmentácia súborov výrazne znižuje výkonnosť PC a serverov najmä pri intenzívnych vstupno/výstupných operáciách. Naopak, defragmentácia súborov môže zvýšiť výkon, pretože čítacia hlavička sa nemusí pri načítaní ďalšej časti súboru tak často presúvať po disku. Toto platí pri klasických platňových diskoch (HDD).
Pri novších SSD diskoch fragmentácia nepredstavuje problém. Nie je tu čítacia hlavička, ktorá by skákala po platniach z miesta na miesto, a je úplne jedno, v ktorej bunke sa daná informácia nachádza. Pri SSD diskoch preto defragmentácia nemá zmysel. Práve naopak, defragmentácia SSD diskom neprospieva, pretože počet zápisov do jednotlivých buniek disku je obmedzený. Čím častejšie budú dáta v bunkách prepisované, tým kratšia bude životnosť SSD disku.
Aký je súvis medzi defragmentáciou disku a zálohovaním?
Pri zálohovaní dát (súborovou metódou) nemá defragmentácia žiadny vplyv. Ak sa však vykonáva zálohovanie metódou obrazu disku, potom defragmentácia zásadným spôsobom ovplyvňuje veľkosť, a teda aj rýchlosť vytvárania následných prírastkových a rozdielových záloh. Do zálohy sa totiž ukladajú obsadené bloky dát a informácie o tom, kde (na ktorých blokoch disku) sa tieto dáta nachádzajú. Vďaka tomu je potom možné obnoviť celý disk alebo diskový oddiel. Prvej zálohe, ktorá sa vytvorí, hovoríme plná záloha. Ďalším zálohám, ktoré sú na túto plnú zálohu naviazané, hovoríme prírastková (inkrementálna) záloha alebo rozdielová (diferenciálna) záloha. Aký je rozdiel medzi týmito typmi záloh, sa môžete dočítať napríklad tu. Problém nastane vtedy, keď sa po vytvorení zálohy vykoná defragmentácia. Následná záloha (či už prírastková alebo rozdielová) totiž bude obsahovať 100 % zmien. Všetky bloky na disku sa totiž pri defragmentácii presunú. Záloha je potom rovnako veľká ako plná záloha. Bez vykonania defragmentácie by zmeny tvorili napríklad len 10 % alebo 15 %.